서기 2032년.

위성궤도에 있는 인류 최초의 거주용 위성 〈에덴〉. 선발된 사람들이 차차 이주를 하고 있던 도중, 천주교도 기독교도 아닌 이단교단이 이끄는 테러리스트가 이주민을 태운 우주선을 점령한다. 그들의 목적은 승객 중 한 명인 10대 소녀 ‘엘’을 납치하는 것. 남자 주인공(이하 ‘주인공’으로 표기)은 우연히 엘을 구해주고 함께 에덴 내부로 도주한다.

모험을 겪으며 둘은 친해지지만 주인공의 목숨을 구하기 위해 엘은 스스로 잡히고 주인공은 동료들의 힘을 모아 엘을 구출하러 에덴의 중추인 관리기지에 잠입한다.

엘과 대면한 교단의 교주(이하 ‘교주’로 표기)는 엘의 정체를 말해준다. 교단은 사해문서를 해독하여 예수와 막달라 마리아 사이에서 자식이 태어났고, 예수 사후 2천 년 후에 이 후손이 예수의 능력을 이어받은 새로운 메시아가 될 거라는 예언을 알게 되었고 후손을 계속 찾았다.

교주는 엘이 바로 예수의 후손이며 지금이 힘을 발휘할 때라고 말한다. 교주의 목적은 엘의 힘을 이용하여 세계를 지배하는 것. 이때 주인공이 나타나지만 서로의 총탄에 쓰러진다. 엘은 기적의 힘으로 주인공을 되살리고 교주는 죽기 직전 자폭장치를 가동시켜 에덴 전체를 붕괴시키려 한다.

엘은 자신의 목숨을 바쳐 마지막 기적을 일으켜 위성의 폭발을 막고 사람들을 구한다. 교주를 잃은 교단은 진압되고 주인공과 에덴 주민들은 엘을 추모한다.